La région de la Beauce constitue une unité morphologique qui correspond à un bassin de sédimentation tertiaire où les formations sont principalement constituées de calcaires lacustres. C’est une surface très plate avec de larges vallons secs qui s’étend au Nord de la Loire depuis Orléans jusqu’à Etampes. C’est une région de grandes cultures céréalières où l’habitat est dispersé.
Le réservoir aquifère est constitué principalement, mais non exclusivement, de calcaires empilés dans une cuvette dont le fond est d’argile imperméable qui repose sur les niveaux de la Craie . Les principaux niveaux producteurs sont composés des calcaires de Pithiviers et des calcaires d’Etampes, deux formations géologiques perméables qui sont séparées par le niveau semi-perméable de la molasse du Gâtinais.
Dans certains secteurs, comme la forêt d’Orléans, la nappe est captive, étant surmontée d’une couche d’argile . Mais sur sa majeure partie, elle est libre et de ce fait, elle est réalimentée directement par l’infiltration des eaux de pluie qui constitue son unique ressource en eau. Cette infiltration qui se produit l’hiver est, en année moyenne, de l’ordre de 100 mm, ce qui représente, pour la partie libre de la nappe, un apport moyen d’environ 900 millions de m3/an.
Le calcaire de Beauce correspond à l’extension d’un lac qui s’est formé entre 43 et 25 millions d’années (de l’éocène à l’aquitanien) dans la Beauce même mais aussi sur la majeure partie de la Sologne. La sédimentation calcaire atteint 200 m d’épaisseur au centre du bassin. Elle est interrompue par un épisode marin qui dépose les Marnes à huîtres et les Sables de Fontainebleau. Elle se termine par une émersion à laquelle correspondent des dépôts détritiques (Argile et Sable de Sologne, du Mio-pliocène) apportés par les cours d’eau puis par la Loire depuis le Massif central, lesquels forment les terrains de la forêt d’Orléans.
La coupe Nord Est – Sud (de la Seine à la Loire) ci-dessous montre le sens d’écoulement de la nappe en direction des cours d’eau qui limitent et qui drainent le système aquifère Beauce. Sur la plus grande partie de la nappe, l’épaisseur de l’aquifère représente une centaine de mètres.